Στο Τμήμα Γεωλογίας του Α.Π.Θ. λειτουργούν τα παρακάτω Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) και Διιδρυματικά Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.):
- Π.Μ.Σ. Εφαρμοσμένη και Περιβαλλοντική Γεωλογία
- Π.Μ.Σ. Μετεωρολογία, Κλιματολογία και Ατμοσφαιρικό Περιβάλλον
- Δ.Π.Μ.Σ. Έρευνα και Εκμετάλλευση Υδρογονανθράκων
- Δ.Π.Μ.Σ. Παλαιοντολογία-Γεωβιολογία
Επίσης, το Τμήμα Γεωλογίας συμμετέχει στα ακόλουθα Διατμηματικά και Διιδρυματικά Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.):
- Ολοκληρωμένη Διαχείριση Λεκανών Απορροής και Παράκτιων Περιοχών
Πληροφορίες: Τμήμα Βιολογίας Α.Π.Θ. (Επισπεύδον Τμήμα) - Φυσικοί Κίνδυνοι και Αντιμετώπιση Καταστροφών
Πληροφορίες: Τμήμα Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου (Επισπεύδον Τμήμα) - Υγεία και Περιβαλλοντικοί Παράγοντες
Πληροφορίες: Τμήμα Ιατρικής Α.Π.Θ. (Επισπεύδον Τμήμα) - Δίκτυα και Πολυπλοκότητα
Πληροφορίες: Τμήμα Οικονομικών Επιστημών Α.Π.Θ. (Επισπεύδον Τμήμα) - Φυσικές και Χημικές Μέθοδοι Διάγνωσης Φθοράς Υλικών Πολιτιστικής Κληρονομιάς
Πληροφορίες: Τμήμα Χημείας Α.Π.Θ. (Επισπεύδον Τμήμα)